Eduardo Souto de Moura nació en Oporto, Portugal en 1952. Su padre era médico (oftalmólogo) y su madre ama de casa. Tiene un hermano y una hermana. Su hermana también es médico y su hermano es un abogado con trayectoria política - anteriormente fue Fiscal General de Portugal.
Tras sus primeros años en la Escuela Italiana, Souto de Moura se matricula en la Escuela de Bellas Artes de Oporto, donde comienza como estudiante de arte, estudiando escultura, y al final termina consiguiendo el título en arquitectura. Él comenta que tras una reunión con Donald Judd en Zurich realiza el transito del arte a la arquitectura. Cuando todavía era estudiante, trabajó para el arquitecto Noé Diniz y con Álvaro Siza durante cinco años. Mientras estudiaba y trabajaba con su profesor de urbanismo, el arquitecto Fernandes de Sá, recibió su primer encargo, un proyecto de mercado en Braga, que ya ha sido demolido debido a los cambios de patrón de este tipo de áreas comerciales.
Después de 2 años de servicio militar, ganó el concurso para el Centro Cultural de Oporto. El comienzo de su carrera como arquitecto independiente.
Ha sido frecuentemente invitado como profesor invitado en Lausana y Zurich en Suiza, así como en la Universidad de Harvard en los Estados Unidos. Estos periodos de docencia en universidades y seminarios en los últimos años le han dado la oportunidad de conocer a muchos colegas en esta área como, entre ellos Jacques Herzog y Aldo Rossi.
Está casado y tiene tres hijas: María Luisa, María Paz e Maria Eduarda. Su esposa, Luisa Penha, y la hija mayor son arquitectos, la segunda es enfermera y la tercera está en la Facultad de Arquitectura de la Universidad de Oporto en el 3er año.
Junto con su práctica de la arquitectura, Souto de Moura es profesor de la Universidad de Oporto, y es profesor visitante en Ginebra, París-Belleville, Harvard, Dublín y la ETH de Zúrich y Lausana.
A menudo descrito como un neo-Mies, alguien que se esfuerza constantemente por la originalidad, Souto de Moura ha conseguido muchos elogios por su exquisito uso de los materiales - granito, madera, mármol, ladrillo, acero, hormigón -, así como su uso inesperado de color. Souto de Moura es clara en su visión de la utilización de materiales, diciendo: "Yo evito el uso de especies en peligro de extinción o protegidas. Creo que deberíamos usar la madera con moderación y replantar los bosques para el uso de la madera. Tenemos que utilizar la madera porque es uno de los mejores materiales disponibles. "
En una entrevista con el Croquis, explicó, «Mies me parece cada vez más fascinante... Hay una manera de leerlo que es considerarlo tan sólo como un minimalista. Pero siempre osciló entre el clasicismo y el neoplasticismo... Sólo tienes que recordar la última construcción de su vida, el edificio IBM, con esa poderosa base de travertinos que perfora para producir una puerta gigantesca. A continuación, por el contrario, llegó a Barcelona y realizó dos pabellones, ¿no? Uno de ellos era abstracto y neo plástico y el otro fue de 9 clásico, simétrico con las esquinas cerradas... Él estaba experimentando. Era ya tan moderno que era 'post'».
Souto de Moura reconoce la influencia de Mies, hablando de su «Torre Burgo», comenta lo que otros escriben como el periodista italiano y crítico, Francesco Dal Co, «es mejor no ser original, pero bueno, en lugar de querer ser muy original y malo».
En una serie de forums llamados el Holcim Forum sobre arquitectura sostenible, Souto de Moura, declaró: «Para mí, la arquitectura es un problema mundial. No hay arquitectura ecológica, no hay arquitectura inteligente, no hay arquitectura sostenible - sólo hay buena arquitectura. Siempre hay problemas que no debemos descuidar, por ejemplo, energía, recursos, presupuestos, aspectos sociales - siempre hay que prestar atención a todos ellos».
