Con el lanzamiento de su estudio en Nueva York en 1981, Mori se embarcó en su carrera docente en la Cooper Union School of Architecture en 1983 por invitación del entonces decano John Hejduk. En 1995, en la Escuela Superior de Diseño de la Universidad de Harvard, donde continúa enseñando como la Profesora Robert P. Hubbard en la Práctica de la Arquitectura, Mori se convirtió en la primera miembro femenina de la facultad en recibir un puesto en Harvard GSD, y la primera y única en Servir como presidente del departamento de arquitectura del colegio. En su tiempo como presidente, una posición que ocupó desde 2002 hasta 2008, Mori promovió una serie de iniciativas dirigidas a expandir el arte y el contexto de la arquitectura. Dirige seminarios avanzados y viaja con estudiantes de todo el mundo para enseñar a los estudiantes la importancia de los contextos locales y los intereses de la comunidad en sus diseños.
Su trayectoria estelar como docente es paralela a sus logros como ejerciente. Junto con su compromiso con la educación, Mori ha mantenido desde 1981 su propio estudio basado en Nueva York, Toshiko Mori Architect PLLC. Su firma ha completado planes directores para instituciones como la Biblioteca Central de la Biblioteca Pública de Brooklyn, los Jardines Botánicos de Buffalo, ha realizado proyectos para las universidades de Brown, Syracuse y Nueva York. Su residencia artística y centro cultural en Sinthian, Senegal, recibió un AIA Architecture Award 2017 y fue señalada como uno de los "Mejores lugares del mundo" por la revista Time. Además, Mori ha desempeñado un papel clave en la restauración de edificios de Frank Lloyd Wright, Marcel Breuer , y Paul Rudolph.